Di dalam Babad Arya Tabanan diceritakan setelah terjadinya musibah gugurnya Ki Patih Kebo Iwa di Jawa, karena tipu muslihat dari patih Gajah Mada pada jaman Kerajaan Majapahit maka Bali merupakan kekuasaan Jawa dibawah Majapahit, para Arya yang menjadi Senapati Yudha di Kerajaan Majapahit diberikan kekuasaan memerintah Bali pada tahun icaka 1256 sedangkan Sira Arya Kenceng diberikan memerintah di wilayah Tabanan. Mengenai sejarah Desa Bongan dapat kami uraikan pada zaman itu sejarah Desa Bongan disini kami tidak mampu menceritakan mulai adanya penduduk yang menghuni wilayah Desa Bongan secara pasti, karena tidak adanya peninggalan secara tertulis yang dapat dipakai menyusun sejarah ini namun dapat kami informasikan berupa cerita turun – temurun. Desa Bongan salah satu kekuasaan Raja Tabanan (Ida Cokorda Tabanan) yang mengalami kekacauan hantu (samar, tonya, bebahu) lalu Raja Tabanan memerintahkan bawahannya untuk menghadapi pengacau dengan menggunakan senjata Tulup Empet. Utusan Raja Tabanan dapat mengalahkan gerakan pengacau bebahu, dari babahu ini kemudian diberi nama Desa Bongan.

Tahun 1938 Desa Bongan masih dibawah kekuasaan Raja Tabanan. Sejak Jaman Penjajahan Belanda, Desa Bongan terdiri dari 3 Desa Adat yaitu :

1. Desa Adat Kota Tabanan, yang meliputi Banjar Adat Bongan Pala
2. Desa Adat Bedha yang meliputi Banjar Adat Wanasara dan Banjar Adat Bedha

2. Desa Adat Bongan Puseh yang meliputi Banjar Adat Bongan Gede, Banjar Adat Bongan Tengah, Banjar Adat Bongan Lebah Baleran, Banjar Adat Bongan Lebah, Banjar Adat Bongan Jawa dan Banjar Adat Bongan Kauh

Pada Jaman penjajahan di bawah pengawasan bendesa ada 2 penyataan   yaitu :

1. Satak Kangin yang membawahi 6 penyeketan antara lain : Bongan Pala, Bongan Gede, Bongan Tengah, Bongan Lebah, Bongan Jawa Kangin, Bongan Jawa Kawan.
2. Satak Kauh yang membawahi 5 penyeketan antara lain : Bongan Kauh Kaja, Bongan Kauh Kelod, Wanasara Kaja, Wanasara Kelod dan Bedha.

Setelah Indonesia Merdeka, mulai ada perubahan istilah perangkat desa, penyataan dihapuskan, sedangkan penyeketan diubah menjadi kelian dinas. Jadi Desa Bongan terdiri dari 11 Kelian Dinas, yaitu :

1. Kelian Dinas Banjar Bongan Pala
2. Kelian Dinas Banjar Bongan Gede
3. Kelian Dinas Banjar Bongan Tengah
4. Kelian Dinas Banjar Bongan Lebah
5. Kelian Dinas Banjar Bongan Jawa Kangin
6. Kelian Dinas Banjar Bongan Jawa Kawan
7. Kelian Dinas Banjar Bongan Kauh Kelod
8. Kelian Dinas Banjar Bongan Kauh Kaja
9. Kelian Dinas Banjar Wanasara Kaja
10. Kelian Dinas Banjar Wanasara Kelod
11. Kelian Dinas Banjar Bedha

Kemudian pada tanggal 1 Januari 1981 Desa Bongan diubah statusnya menjadi Kelurahan Bongan, sesuai dengan surat Keputusan Mendagri Tanggal 2 Januari 1981 Nomor 01/SE/1981. Dengan perubahan Desa menjadi Kelurahan, maka Lurah dibantu oleh seorang Kepala Bidang Urusan, sedangkan para Kelian Dinas menjadi Kepala Lingkungan di masing-masing Banjar.

Pada tanggal 7 Agustus 2001 Kelurahan Bongan Nomor 17 th 1999 tentang pembangunan daerah, meningkatkan efektifitas dalam penyelenggaraan pembangunan desa, perlu diberikan peluang bagi pembentukan, penghapusan atau penggabungan desa.

Dengan perubahan Kelurahan menjadi Desa, maka Kepala Desa dibantu oleh seorang Sekretaris Desa, Sekretaris Desa dibantu oleh 5 orang Kepala Urusan Desa, sedangkan Kelian Lingkungan menjadi Kelian Dinas Banjar.

Dengan terbitnya Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa terjadi perubahan struktur organisasi dan tata kerja Pemerintah Desa Bongan yang ditetapkan dengan Peraturan Desa Nomor 2 Tahun 2017 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Pemerintah Desa Bongan, yaitu terdiri dari Perbekel/Kepala Desa, Sekretaris Desa, Kaur Tata Usaha dan Umum, Kaur Perencanaan, Kaur Keuangan, Kasi Pemerintahan, Kasi Kesejahteraan, Kasi Pelayanan dan 11 Kepala Kewilayahan.

Pejabat Kepala Desa/Kelurahan Bongan sebagai berikut :

1. I Wayan Jigeh dari tahun 1945 – 1955
2. I Gst Kt. Repek dari tahun 1955 – 1974
3. I Wayan Kerug dari tahun 1974 – 1979
4. I G.M Gumbreg dari tahun 1979 – 1983
5. I Nyoman Rudita dari tahun 1983 – 1988
6. I Nengah Sepir dari tahun 1988 – 1995
7. I Gst. A. Rai Dwipayana tahun1995 – 1998
8. I Wayan Daryana, Ap. dari tahun 1998 – 2001
9. I Gst. A. Putu Wirata dari tahun 2002 – 2013
10. I Ketut Sukarta, SE. Dari tahun 2013 – sekarang

Demikianlah sejarah singkat terbentuknya Desa Bongan.